کتاب سیری در سیره نبوی سه بخش اصلی دارد. بخش اول به نام «دیباچه» مشتمل بر دو مقاله تحت عنوان «دعوت‌های سه‌بعدی» و «موج اسلامی» است که اتفاقاً به‌عنوان مقدمه در جلد اول و دوم کتاب «محمد خاتم پیامبران» هم استفاده شده است. قسمت اصلی کتاب که در بخش دوم است مشتمل بر هشت سخنرانی شهید مطهری تحت عنوان «سیره نبوی» است. نویسنده در مقدمه این بخش بحث کوتاهی پیرامون این فکر انحرافی که «ما قادر به پیروی از اولیاء دین نیستیم» دارد. ایشان بحث را با عنوان «منابع شناخت از نظر اسلام» شروع کرده و پس از برشمردن چند منبع، سیره اولیاء دین را نیز به‌عنوان یکی از منابع شناخت از نظر اسلام معرفی می‌کند و از آنجا وارد بحث «سیره نبوی» می‌شود. بخش سوم کتاب که «ضمیمه» نام دارد، متشکل از یک سخنرانی و ترجمه صد سخن از پیامبر اسلام (ص) است. سخنرانی مذکور، تاریخچه‌ای است از زندگی رسول اکرم (ص) و نیز تحلیل سخنانی چند از آن بزرگوار ارائه می‌کند.