جلد دوم، مقالۀ دوم و فصل اول تا ششم مقالۀ سوم از الهیات شفاء را در برمی‌گیرد. مقالۀ دوم الهیات شفاء چهار فصل دارد و به این موضوعات می‌پردازد: ۱. تعریف جوهر و اقسام آن؛ ۲. شناخت جسم و حقیقتِ ماهیتش؛ ۳. جدایی‌ناپذیری ماده از صورت؛ ۴. تقدم صورت بر مادّه، به‌لحاظ مرتبۀ وجودی. فصل اول تا ششم مقالۀ سوم هم شامل این مباحث است: ۱. بحث دربارۀ مقولات نُه‌گانه و عرضی‌بودن‌شان؛ ۲. پژوهشی دربارۀ واحد؛ ۳. بحث دربارۀ حقیقتِ واحد و کثیر و نیز اثبات عرَض‌بودنِ عدد؛ ۴. بحث دربارۀ عرَض‌بودنِ مقادیر؛ ۵. تحقیقی دربارۀ ماهیت عدد و تعیین انواع آن؛ ۶. تقابل واحد و کثیر. مقالات و محتوایی که در جلد سوم آمده است، عبارت‌اند از: ۱. فصل‌های پایانی مقالۀ سوم، یعنی فصل هفتم تا دهم که در جلد پیشین دربارۀ آن‌ها بحث نشده بود. این فصول به‌ترتیب، به این موضوعات می‌پردازند: عرض‌‌بودن کیفیات، علم و عرضی‌بودن آن، کیفیات مختص به کمّ و اثباتشان، مضاف (اضافه)؛ ۲. مقالۀ چهارم که سه فصل دارد و به این مباحث می‌پردازد: تقدم و تأخر و حدوث، قوّه و فعل، ناقص و تامّ؛ ۳. مقالۀ پنجم که از نُه فصل تشکیل شده است و از مباحث فلسفیِ منطق سخن می‌گوید.