کتاب «معارف الهی» شرح و تفسیر سؤالات «عمران صابی» و پاسخ‌های حضرت «امام علی بن موسی‌الرضا (ع)» به او هست. عِمران صابی که به‌عنوان متفکری صاحب اندیشه و مسیحی در آن عصر شهرت یافته بود در مناظره‌ای با امام رضا به بحث در مورد پیچیده‌ترین و غامض‌ترین مسائل الهیات پرداخته و در نهایت حضرت دیدگاه خود در موضوعات ذکرشده را به‌روشنی تشریح و تبیین می‌کند. این مباحث در باب هستی‌شناسی خداوند، کیفیت وجود او و نسبت باری‌تعالی به سایر مراتب هستی، کیستی و چگونگی موجود اوّل، چگونگی علم باری‌تعالی به خویشتن، نسبت وجود او با مخلوقات خود، چگونگی شناخت حق‌تعالی، چگونگی نسبت صفات و اسماء به او و چارچوب کاربردی حواس در شناخت حق‌تعالی و... است. مرحوم علامه جعفری با هدف درک بهتر شیعیان در تبیینِ معانیِ سؤالات عمران صابی و پاسخ‌های امام رضا (ع)، تلاش کرده زوایای پیچیدۀ این سؤالات را رمزگشایی کند و هم‌زمان پاسخ‌های حضرت را تشریح و برخی نکات آن را تفسیر کند.