کتاب «شیعه در دوره امام باقر» با بررسی وضعیت شیعه در ابعاد مختلف، تصویری جامع از وضعیت شیعیان را در دورۀ امامت امام باقر(ع) و در مناطق شیعه‌نشین عراق، حجاز، یمن و مناطقی از ایران به‌ویژه خراسان و قم به تصویر کشیده است. این دوران که به لحاظ فرهنگی و اجتماعی از اهمیت خاص برخوردار بوده، مقطع مهمی از تاریخ تشیع است. در دوران بعد از عاشورا وجود برخی مشکلات و اختلافات درون‌مذهبی باعث تفکیک گروه‌های شیعی و زمینه‌های شکل‌گیری فرقه‌های جدید را فراهم ساخت. کتاب با تأکید بیشتر بر بررسی وضعیت شیعیان پیرو امام باقر(ع) که خط فکری و مشی سیاسی خود را بر اساس نظر آن حضرت قرار دادند، به حیات فرهنگی، اجتماعی، سیاسی و اقتصادی سایر گروه‌های شیعی نیز پرداخته است. کتاب در پنج فصل تألیف شده است و به ابعاد مختلف اجتماعی، سیاسی، علمی، فرهنگی و اقتصادی آن دوران پرداخته است.