کتاب یثرب با داستان خود بخشی از تاریخ صدر اسلام را به تصویر کشیده است. مقطعی زمانی از تاریخ اسلام که قرار است از تأثیرات و اتفاقات مهم در دعوت پیامبر اکرم(ص) و گسترش دین اسلام برایمان بگوید. محور اصلی این رمان خواندنی، حوادثی است که پس از هجرت پیامبر(ص) به یثرب یا همان شهر مدینة‌‌النبی اتفاق افتاده‌‌اند. یهودیان شهر یثرب بارها بر اساس متون کهن و تورات، وعده ظهور پیامبر آخرالزمان را داده و خبر آمدنش را اعلام کرده بودند. این یهودیان برای دیدن این پیامبر از شامات به عربستان مهاجرت کرده و در یثرب ساکن شده بودند تا حضرت محمد(ص) را ببینند. و اصلاً از دلایل اصلی مهاجرت یهودیان از سرزمین‌‌های شامات به سرزمین عربستان و شهر یثرب و اطراف آن بنا بر همان وعده تورات بوده است. متن رمان و شروع قصه با خود شهر یثرب و معرفی آن شروع میشود: «جدال بر سر یثرب بود ... یثرب. یثرب. یثرب. ایستاده میان دو سنگستان سیاه. به سیاهی زغال. قامت‌افراشته میان دو کوه عیر و اُحُد. سبز مایل به سیاه. نخلستان گسترده. مثال سفر پرزرق. پر از چاه‌هایی که زود به آب رسیده بودند...» رمان «یثرب» سه‌فصل کلی دارد که هر فصل به بخش‌های مختلف تقسیم میشود.